در بزرگداشت دانش،
ازامام محمد باقرعلیه السلام روایت شده است که «دانش نزد خداوند دوست‌داشتنی‌تر از عبادت
است.» و «دو دسته از امت من هیچ سهمی در اسلام ندارند: تندرو و قَدَری مسلک.»
مهمترین نقش تدریس نظام‌مند و عمومی فقه شیعه از سوی ایشان بود. این نظر در ابعادی وسیع‌تر توسط شیعه‌پژوه دیگری به نام ارزینا لالانی در کتاب «نخستین اندیشه‌های شیعی: تعالیم امام محمد باقر علیه السلام» به تفصیل بررسی و تبیین شده‌است. کلبرگ در این زمینه می‌نویسد؛ احتمالاً محمد باقر اولین کسی بود که آنچه را به آموزه‌های بنیادی شیعه اثنی عشری تبدیل شد، تدوین کرد.
امام محمد باقرعلیه السلام پایه‌گذار اجتهاد بوده و با استخراج احکام شرعی از روی ادله اجتهادی، این سنت که بعدها به علم اصول فقه تبدیل شد را پایه‌گذاری کرد. قواعدی را که محمد باقر تأسیس کرد، بعدها در میان اصولیین به استصحاب، قاعده تجاوز، قاعده فراغ، قاعده نفی ضرر، علاج تعارض بین اخبار و… شهرت یافته‌است. علاوه بر پایه‌ریزی این علم، مبارزه با انحرافات این علم نیز از اقدامات وی شمرده می‌شود؛ انحرافاتی چون قیاس و استحسان که در استنباط احکام شرعی و نزد شیعیان باطل می‌باشد.
به نوشته جعفریان، پس از علی بن ابیطالب، در میان ائمه شیعه، بیشترین احادیث از باقر و صادق روایت شده است. نشر این احادیث باعث شهرت باقر به عنوان عالم، امام، فقیه و محدث بوده است.ابو زهره از سفیان ثوری، سفیان بن عیینه (محدث مکه) و ابوحنیفه به عنوان کسانی که از محضر علمی او استفاده کرده اند، یاد می کند.
ابوحنیفه با وجود اینکه بیشتر احادیث وارده از اهل سنت را نمی پذیرفت، احادیث زیادی از طریقِ باقر و سایر ائمه روایت کرده است. ذهبی از عمرو بن دینار، اعمش، اوزاعی، ابن جریح و قرة بن خالد، به عنوان کسانی از باقر حدیث نقل کرده اند، نام می برد.